孔子家乡山东曲阜，有孔林，孔庙和孔府等古迹，名闻世界，众所周知。
然而，孔子的四十一世孙于唐代定居莆田，并于宋代创建孔氏家庙和涵江书院，却少人知晓。
按莆田涵江孔氏谱系：孔子三十七世孙孔齐卿，唐建中间（-年）官兖州司马，袭封文宣公。其别子孔文整，历官南顿溧水县尉，居泗州涟水县临淮乡进贤里。传至四十一世孔仲良，以明经历任全椒县尉、青阳县丞，大和间（-年）以儒林郎来任莆田县令。居官廉明有惠政，不幸在任病逝（墓在九华山麓），其家属贫不能归。因寓居县西5里，地犹名孔里（今城厢区泗华村孔里），后定居涵头之紫璜山（今涵江区），亦名孔里。宋绍兴廿五年（年）秋冬间，朱熹之友括苍人吴任（孔氏之婿）以仲良与其父的告身（唐政府任命状）7件请朱熹鉴定，朱考校元丰版《孔氏袭封家谱》皆合，勘审不谬。因以告兴化知军傅自得，立孔子四十九世孙孔宜户籍，免其徭役。
淳熙七年（年）孔宜子幼夏，预乡举。淳祐五年（年）知兴化军杨栋、涵头镇官郑雄飞建书院和孔庙，置田产供孔氏子孙读书。景定五年（年）知军徐直谅请额，理宗御书“涵江书院”赐之。书院山长一职聘朱熹表侄祝洙（其父祝穆即纂《方舆胜览》者），元大徳间聘上饶人徐如楫，至大间由五十三世孔敬山、子丛孙、孙克万相继充任.明代学制，不列书院，遂罢山长。
后书院屡修屡圮，六十二世孔淳勉呈报福建总督张斌，成化元年（年）兴化府知府岳正，奉省文亲到实地査勘，见基址卑狭，遂毁三真君庙，重新修建孔庙，有大成殿、大成门、根星门、泮池、璧水桥。泮池上建49级石瞪道，泮池前建正学门木坊。大成殿之西建思圣堂，前为明德堂，后为孔氏世居宅院，通道处匾曰“阙里一脉”（群众今仍呼为孔里）。其北通顶铺大街路口处建石坊，刻理宗御书“涵江书院”。
万历十四年（年）六十五世孙孔时中（庠生）疏请朝廷发还前此拍卖天下书院田产的涵江书院祭田。奉部批：“每代择孔氏子孙贤者一人，列名学校，主守祭祖。”
清初，海疆军事频仍，孔庙又毁，康熙元年（年）六十八世孙孔昌期倡修，嘉庆十九年（年）重新修建正学门。20世纪50年代后，孔庙、书院建筑群均被拆改，现只存正学门木坊（以及49级石磴道），今为市级文物保护单位。
孔氏世居的孔里，还存有几座明清旧式民宅建筑，孔氏子孙还是按照曲阜孔府规定沿用的世代昭穆字行，现在有：“繁、祥、令、德、维、垂、祐”等7代多人口。
12世纪末，涵江孔氏有一支散处仙游县枫亭，沦为民户，供役于枫亭驿。朱熹知漳州过枫亭宿驿中，怪其姓氏，询知其系出于涵江，因告知地方官，就其所居建孔子庙，令其供祀，免其差役。庙在今枫亭镇下街，明末尚存。
另有一支孔子四十五世孙孔任与子克权，于建炎初（约年）避乱来闽，家于龙溪。明正德四年（年），官给其裔孙孔笃尧衣巾，主观澜书院祭祀。嘉靖时禁设书院，裔孙孔天从赴京陈请改为家庙。
